Ундан кейин тошларни 20-30 дақиқа давомида оловга тутиб қиздирасиз ва шу билан дезинфекция қилган бўласиз. Бу ишни амалга ошириш учун эски қозон ёқи эмаль қатлами бўлмаган идишдан фойдаланишингиз мумкин. Шу амал орқали аквариумни тошлардаги кўпгина зарарли микроорганизмлардан халос этасиз. Айниқса, тошларни табиий сув ҳавзаларидан – кўллардан ёки қаналлардан олган бўлсангиз, ёки бўлмаса қурилиш майдонларидан олган бўлсангиз, бу амалларнинг фойдаси жуда катта. Шу тариқа тайёрланган тошларни бемалол аквариумга жойлашингиз мумкин.
Вақт ўтиши билан, уч-тўрт ҳафталардан сўнг, тош қатламида аквариум жонзотларининг органик чиқиндилари йиғилиб қолади. Улар кўпайган сари сувнинг кимёвий таркибига салбий таъсири кучайиб боради. Бу чиқиндилар миқдори ошиб кетса, балиқлар заҳарланиши ва нобуд бўлишлари мумкин. Бу жараёнлар, нисбатан камроқ даражада, ўсимликларга ҳам таъсир қилади.
Шунинг учун, узоғи билан бир ойдан сўнг, аквариум тубидаги тошлар қатламини тозалаш ишларини бошлаш лозим бўлади. Бу ишни камида ойда бир марта, агар балиқларнинг сони бироз кўпроқ бўлса, ойига икки ёки уч марта бажарилади. Тошлар қатламини тозалаш учун сизга диаметри 2-3 см. ва узунлиги 1-1,5 метр бўлган шланг ва пластмасса ёки ёғочдан ишланган узун тайёқча керак бўлади.
Тозалаш қуйидагича амалга оширилади: Узун таёқча билан тошларни оралайсиз ва қўзғатилган лойқаларни шланг билан сўрдириб олиб ташлайсиз. Бу ишни эҳтиёткорлик билан, ўсимликларнинг илдизларига жароҳат етказмасдан ва балиқларни чўчитмасдан, аквариум тубининг ҳамма жойларини текис тозалаган ҳолда бажариш лозим.
Тош қатламни бутунлай тозалаб чиқишга уринманг, бу ишни барибир қила олмайсиз, бундай қилишнинг ҳожати ҳам йўқ. Органиканинг, сув таркибида, маълум миқдорда мавжуд бўлиши ўсимликларга (ўғит сифатида) ва микроорганизмларга фойдалидир.
Аквариумни идеал даражада тоза тутиш истаги айрим ҳаваскорларнинг катта ҳатосидир. Бунинг учун улар тошларни аквариум ичидан олиб бутунлай тозалаб чиқишга уринадилар. Бундай қилиш умуман нотўғри деб ҳисоблаймиз.
Аквариумни узоқ вақт давомида ривожланиб ҳаёт кечириши учун унинг сувини ҳафтада бир марта 1/5 қисмини янгилаб туриш ва ойда бир ёки икки марта тошлар қатламини тозалаб туриш керак.